自主創新能力不足是當前制約產業結構升級和發展方式轉變的瓶頸。主要表現為：一是很多關鍵核心技術受制于人，一些重要產業對外技術依存度過高。我國 100％的光纖制造設備、80％以上的集成電路制造設備和石化裝備、70％的數控機床是國外產品。在新興產業方面，半導體照明產業80%以上的大功率、高亮度LED芯片，太陽能光伏產業90%以上的硅提純技術等依賴進口。二是重引進、輕開發，重模仿、輕創新，難以擺脫重復引進困境。我國引進技術的消化吸收投入明顯偏低。2003年以前，大中型工業企業技術引進與消化吸收經費之比在14：1以上；2004年以來逐步改善，但仍在4：1左右。三是國內市場為本土技術創新提供的機會偏少。大部分高技術含量市場被國外企業占有，2002年~2008年，大中型工業企業引進國外技術的經費是購買國內技術的4.2倍，與日韓處在我國相同發展時期所采取的支持本土技術創新戰略差距太大。同時，中小企業普遍融資難。四是科技管理體制改革亟待深化。多頭管理和部門分割等“老大難”問題，導致科技資源效率低下、重復浪費，不利于創新能力提高。如在核電技術引進過程中，由于條塊分割、各自為陣，重復引進，反復陷入“引進—落后— 再引進”的困境；反觀高鐵，正是由于統一規劃，整合行業資源，對外發揮戰略買家優勢，對內統一組織消化吸收再創新，才取得了高鐵集成創新的成就。又如科研設施，國家、地方、社會近年來投巨資配置了大量的科研設施，甚至讓一些成果斐然的國外研究機構也羨慕不已，但其利用率十分低下。我國大型科研設施利用率僅 25%，遠低于發達國家的170%—200%，一些昂貴的設備臨近報廢期限尚未開封。
　　
　　導致這些現象的主要原因是：企業缺乏自主創新的動力和壓力。市場需求旺盛，資源、環境、勞動力成本低廉，企業缺乏自主創新的動力；在“先占市場”和“自主創新”之間，大多數企業無論是以追求效益為動機，還是因實際人力、財力制約，往往選擇前者，不愿承受創新的壓力。行政體制機制改革亟待深化。一方面，行政微觀干預過多，沒有發揮市場配置科技資源的基礎性作用；另一方面，對產業關鍵共性技術、科技資源整合、中小企業融資渠道等方面調控不足，沒有發揮行政應有的統籌作用。
　　
　　加快發展方式轉變，核心是依靠科技，重點是提高自主創新能力，關鍵是深化體制機制改革。為此建議：
　　
　　一是發揮自主創新舉國體制優勢。對重大裝備、關鍵共性技術、戰略性產業的自主創新，要發揮“舉國體制”和“集中力量辦大事”的優勢，破除部門分割，統一規劃、統一組織、協同配合，將有限的資源向戰略目標領域集中，以較快的速度實現重大突破；整合轉制科研院所及其他研究機構組建國家工程技術研究總院，提高產業關鍵共性技術創新能力。
　　
　　二是完善自主創新機制。加強宏觀調控，凝聚科技力量，挖掘潛力大、效益好且與國情和產業環境相匹配的關鍵共性技術，根據研發基礎和發展方向，制定技術引進的規劃和政策，統籌引進的內容和總量，規范引進行為；建立技術引進為自主創新服務的制度，防止過度引進產生技術依賴，導致原有的研發能力和隊伍流失；改革對產業科技投入的方式。將政府投入轉化為貸款、可轉債、股權投入、產業科技投資基金等形式，委托第三方機構進行市場化運作；統籌構建政府與科研機構、高校、企業、金融、第三方機構之間緊密關聯、相互促進的創新體系，完善資源投入、項目管理、成果評價、市場反饋、利益分配等機制；逐步改變軍工科技體系封閉發展的狀態，加強軍民合作，寓軍于民。
　　
　　三是充分利用國內市場。要毫不動搖并切實落實在產品采購上對自主創新產品優先的措施；要打破壟斷、讓企業依靠自主創新在競爭中發展；要鼓勵本土企業根據國情選擇自主創新策略，借助高速成長的中國市場不斷提高水平，走出中國特色的主導技術路線。
　　
　　四是完善自主創新的資本市場。深化金融體制改革，加強資本市場基礎性制度建設；大力發展中小板和創業板，完善退出機制，支持優質創新型中小企業利用資本市場加快發展；鼓勵地方性中小銀行發展，探索建立地方資本市場，鼓勵符合國情的金融產品創新，促進民間資本為建設創新型國家服務。